특별계획구역은 지구단위계획구역 중 현상설계 등에 의해 창의적 개발안을 받아들일 필요가 있거나 계획의 수립 및 실현에 상당한 기간이 걸릴 것으로 예상돼 충분한 시간을 가질 필요가 있을 때 별도의 개발안을 만들어 지구단위계획으로 수용 결정하는 구역을 말한다.
특별계획구역은 ▲대규모 쇼핑단지, 전시장, 터미널, 농수산물도매시장, 출판단지 등 일반화되기 어려운 특수기능의 건축시설과 같이 하나의 대지 안에 여러 동의 건축물과 다양한 용도를 수용하기 위해 특별한 건축적 프로그램을 만들어 복합적 개발을 하는 것이 필요한 경우 ▲순차개발하는 경우 후순위개발 대상지역 ▲복잡한 지형의 재개발구역을 종합적으로 개발하는 경우 등 지형조건상 지반의 높낮이 차이가 심해 건축적으로 상세한 입체계획을 수립해야 하는 경우 ▲지구단위계획구역안의 일정지역에 대해 우수한 설계안을 반영하기 위해 현상설계 등을 하고자 하는 경우 ▲주요 지표물 지점으로서 지구단위계획안 작성 당시에는 대지소유자의 개발프로그램이 뚜렷하지 않으나 앞으로 협의를 통해 우수한 개발안을 유도할 필요가 있는 경우 ▲공공사업의 시행, 대형건축물의 건축 또는 2필지 이상의 토지소유자의 공동개발, 기타 지구단위계획구역의 지정목적을 달성하기 위해 특별계획구역으로 지정해 개발하는 것이 필요한 경우 등에 지정한다.
한편, 순차개발을 위해 특별계획구역을 지정하는 경우 ▲특별계획구역의 면적이 전체구역면적의 2/3를 초과하지 않을 것 ▲전체구역의 개발방향과 특별계획구역이 조화될 수 있도록 특별계획구역에 대해 간선도로의 노선, 허용용도, 용적률·건폐율 등 개발밀도의 규모 및 공원과 녹지의 비율을 제시할 것 ▲대상구역 내 특별계획구역으로 지정되지 않은 곳의 개발완료 시점에 초등학교 등 필수 기반시설의 설치완료가 전제될 것 등의 기준을 만족해야 한다.